El estudio de la biodiversidad y la elaboración de planes de uso y gestión en ecosistemas marinos y costeros son complejos desde el punto de vista técnico, ya que influyen variables de dos mundos muy diferentes, aparte de la intensa acción antrópica que soportan.
La sobreexplotación pesquera requiere de planes que permitan un uso sostenible de los recursos, y la utilización de la franja costera ha contribuido a la desaparición de ecosistemas costeros que no se encuentran en ninguna área protegida. En el caso concreto de la acuicultura, se ha producido la destrucción de gran parte de la superficie original de manglares, un tipo de bosque único en el mundo.
Las características tan especiales de estos medios hacen necesarios métodos específicos para su gestión, adaptados a sus singularidades, con planteamientos integradores, fundamentados en la visión de conjunto del espacio y sus problemas, eficientes en el corto plazo pero con capacidad de prevención y previsión para el largo plazo.